Le projet d'un institut de nationalité allemande, spécialisé dans l'archéologie et la paléographie, est né à la fin des années 50 alors que Peter Volker, éminent chercheur à l'Université de Berlin, entamait sa thèse consacrée à l'épigraphie grecque. Conscient de la dispersion de la documentation, il entreprend de constituer un corpus complet des inscriptions grecques qui reste une référence aujourd'hui dans le milieu de la recherche.

L'idée d'une fondation pouvant concentrer dans un même établissement laboratoire et documents, prend forme officiellement en septembre 1965 sous le nom d'Institut des Langues et de la Culture des Mondes Anciens. Dans l'intention d'homogénéiser les optiques de recherche et permettre une collaboration plus étroite entre les archéologues et les paléographes, elle se structure autour d'un laboratoire d'analyse et d'un équipement important pour le traitement des manuscrits.

En 1976, la fondation est rebaptisée Institut Volker, en hommage au professeur Volker disparu l'année précédente en Grèce. Elle se réorganise en unités de recherche et crée, à côté du laboratoire d'épigraphie, codicologie et papyrologie, un centre d'études comparées des cultures anciennes. Aujourd'hui l'établissement compte trois unités placées sous la direction de spécialistes qui offrent parallèlement un enseignement doctoral.